1981年に広島の呉YWCAに東ティモール問題を考える会が発足し、1983年から「東チモール通信」を発行し始めました。
1985年にフレテリン国連代表ジョゼ・ラモス・ホルタ氏が来日し、呉、大阪、東京で講演会を行って活動の輪が広まりました。
その年、大阪に東チモールの独立に連帯する会が発足。
1986年からはスピーキング・ツアーが始まり、それとともに各地に団体ができました。
「東チモールに自由を！全国協議会」はこうした団体があつまって1988年に結成されました。
さらに1991年には、東ティモール連帯グループの国際的な組織「国際東ティモール連盟」（IFET, International Federation for East Timor）が結成され、全国協議会もこれに参加しました。
IFETは国連広報局のAssociate NGOです。また、フィリピンに拠点をおく「アジア太平洋東ティモール連合」（APCET: Asia-Pacific Coalition for East Timor）にも加盟しています。
2000年には呉YWCA東ティモール問題を考える会は解散しました。
2002年には、「東ティモールに自由を！全国協議会」は、独立後の新しい東ティモールの状況をふまえ、「東ティモール全国協議会」と名称を変更し今に至ります。